През последните години горите все по-често страдат от природни бедствия - пожари, ветровали, нападения от болести и вредители. Това се дължи както на проблеми при стопанисването така и на нарасналия интензитет на екстремните климатични събития (ураганни ветрове, засушавания, поройни валежи, резки температурни промени) и свързания с тях стрес в горските екосистеми. По данни на Изпълнителната агенция по горите (ИАГ) унищожените през последните няколко години гори в България са около 60 хиляди дка. Тези данни не включват незаконната сеч, която също допринася за влошеното състояние на горските екосистеми, голяма  част от които попадат в НАТУРА 2000.

Поради липсата на бюджетни средства повечето унищожени гори не могат да бъдат възстановени своевременно, което причинява деградация или промяна в типа местообитание. Това води до загуба на биологично разнообразие и влошаване екологичните функции на засегнатите територии. Някои лесовъдски практики (като засаждане на монокултури) също допринасят за деградацията на ценни природни територии. Създадените по този начин гори изискват скъпоструващи отгледни мероприятия и са по-уязвими от природни бедствия.

За да подпомогне решаването на проблема през ноември 2009 г. Инициативна група „Витоша” в партньорство с „Горичка” и ИАГ стартира изпълнението на проект „Възстановяване на приоритетни горски местообитания в Натура 2000 места”, финансиран от Фонда за НПО към ФМ на ЕИП. До момента в рамките на проекта е изготвена база данни за унищожените горски площи в страната, която скоро ще бъде достъпна онлайн заедно с интерактивни тематични карти на www.gorichka.bg. Целта е да се предостави актуална информация за състоянието на горите в страната и да бъдат провлечени допълнителни ресурси за тяхното възстановяване с участието на обществеността и частния сектор.

Привършва и работата по изготвянето на методика за възстановяване на горски местообитания в НАТУРА 2000 зони. След финализирането на методиката през пролетта на 2010 г. предстои пилотното й прилагане чрез възстановяване на 180 дка горски местообитания в 3 защитени зони на територията на ПП „Витоша” и Западни Родопи. Това ще бъде извършено чрез засаждането на повече от 45 000 нови дръвчета, включително и чрез организиране на акции с доброволци. В момента текат процедури по уточняване на площите, вида и обема на предстоящите дейности със съответните горски администрации по места.